La Taxonomía

Árbol filogenético, en este caso en forma de dendrograma^{nota 1}​ (cada grupo, incluidos los de los nodos, es un grupo de organismos), como cada nodo del dendrograma se corresponde con un clado, entonces es un cladograma. Cada clado agrupa a todos los descendientes de una población ancestral común, es decir es un grupo monofilético. Los nodos terminales (aquí simbolizados por letras individuales) no pueden ir más allá de las especies, ya que por definición, por debajo de la categoría especie las poblaciones no evolucionan como linajes independientes.

Árbol filogenético (en este caso, las líneas representan la secuencia de organismos ancestros y descendientes, es un filograma^{cita 1}​) que muestra un ejemplo de diversificación de una especie ancestral en tres especies presentes en la actualidad. Cada nodo del árbol (como el marcado con un círculo rojo) representa la divergencia de un linaje ancestral en dos linajes que evolucionan independientemente, esto es, que tienen el potencial de adquirir su propio set de cambios evolutivos. En barras rojas se muestran las apomorfías: los nuevos estados del carácter. Un cladograma se puede interpretar como una secuencia de ancestros y descendientes, lo cual es una hipótesis que se superpone al dendrograma obtenido al determinar las apomorfías que agrupan los linajes vivientes. No todos los investigadores están de acuerdo en interpretar un cladograma de esta forma, porque por ejemplo la historia filogenética del grupo puede no haberse dado en forma de cladogénesis.^{cita 2}​

Del árbol filogenético se puede derivar una clasificación de los organismos. Los taxones terminales se circunscriben y agrupan en taxones de rango sucesivamente más alto. Los anidamientos deben tener congruencia o "consistencia lógica" con el árbol filogenético, aunque la forma en que se tiene que dar esta consistencia está en discusión.¹⁴​ Nótese que la clasificación tiene forma de dendrograma.

La Taxonomía (del griego τάξις táxis ‘ordenamiento’ y νόμος nómos ‘norma’ o ‘regla’) es, en su sentido más general, la ciencia de la clasificación. Habitualmente se emplea el término para designar a la Taxonomía Biológica, la «teoría y práctica de clasificar organismos».¹⁵​ ^{cita 3}​^{cita 5}​ Como se la entiende en la actualidad, la clasificación biológica tiene que ser congruente con las hipótesis de árbol filogenético disponibles, en ella, los organismos se agrupan en taxones mutuamente excluyentes a su vez agrupados en taxones de rango más alto también mutuamente excluyentes, de forma que cada organismo pertenece a uno y sólo un taxón en cada rango o "categoría taxonómica". En cada taxón, los organismos poseen caracteres (singular carácter) cuyos estados del carácter los diferencian de los organismos fuera del taxón, y son los atributos que en conjunto se utilizan para delimitar los taxones biológicos. La mayoría^{cita 6}​ de los especialistas ve a las especies, a las que ubican en taxones en la categoría taxonómica del mismo nombre, como una realidad objetiva, y a los diferentes conceptos de especie como diferentes aproximaciones para reconocer los linajes que evolucionan independientemente, por lo que a pesar de las discrepancias entre autores en su concepto taxonómico y por lo tanto en general en los límites taxonómicos de cada una, suele ser considerada la categoría